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제품특징
□ 특징
● SMART법을 이용한 NGS용Strand-specific NGS Library 제작
● 100pg-100ng의 RNA (purified Poly A+ RNA 또는 rRNA depleted RNA)에서 Library 제작
● Illumina® sequencer에 적합한 index와 adaptor 적용
● 4시간 이내에 RNA-seq library 제작 가능
● GC-, AT-rich template에 최적인 PCR효소 포함
□ 제품설명
SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit는 100pg~10ng의 RNA를 이용하여 전사체의 strand information을 유지하면서 Illumina® sequencingplatforms에 적용할 수 있는 library를 제작할 수 있는 시약이다. 본 제품은 random primer 방법을 이용하여 polyA+ RNA와 rRNA-removed total RNA로부터 NGS용 cDNA library를 제작하며, mammalian RNA (poly A+RNA)와 박테리아 샘플 (non-poly A+ RNA)를 이용할 수 있다. 기존의 Clonetch SMARTer의 원리를 일부 변형하여 실험 과정 중에,Illumina® index와 adaptor를 결합하기 때문에 별도의 Library preparation kit가 필요하지 않으며, 불과 4시간 만에 Illuimina® sequencing에 적용 가능한 indexed library 제작이 가능하다. SMARTer® Stranded RNA-Seq HT (Code 634862)는 8종류의 Forward primer와 12종류의 Reverse primer를 포함하고 있어 최대 96개의 sample을 분석할 수 있는 High-throughput system이다. ※ SMARTer® Stranded RNA-SeqKit 또는SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit HT 제품을 이용할 경우, ribosomalRNA (rRNA) 제거 (rRNA depletion)이 필요하며, Clonteh의 RiboGone™-Mammalian(Code 634846)제품의 사용을 추천한다
그림 1. NGS Work flow for theSMARTer® Stranded RNA-Seq Kit
그림2. 소량의 RNA (100ng 또는 100pg)로부터재현성 높은 RNA-Seq 데이터를 얻을 수 있었다.
그림3. Indexed cDNA libraries were prepared accordingto the SMARTer Stranded RNA-Seq Kit protocol using twelve indices, andsequenced on an Illumina® HiSeq® Platform with 2 x 100 bp paired end reads.Short, overlapping reads originating from different strands of the genomic DNAwere distinguished from each other, enabling quantitative expression analysisand accurate genome annotation. 99% of RNA-Seq reads mapped to the correct strand.
표 1. Even at the lowest levels tested (100 pg polyA+ inputRNA), the SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit was able to maintain highaccuracywhile detecting ~15,000 genes using strand-specific alignments.
□ Applications
● Illumina®-specific NGS library production that retains strand information.
● RNA-Seq on Illumina® platforms for both mammalian and prokaryotic samples.
● Coding and non-coding transcript information
□ 구성품
SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit(Code 634836 외)* SMARTer® Stranded RNA-Seq Components * llumina® Indexing Primer Set * SeqAmp™ DNA PolymeraseSMARTer® Stranded RNA-Seq Kit HT (Code634862) * SMARTer®Stranded RNA-Seq Components * IndexingPrimer Set HT for Illumina®* SeqAmp™ DNA Polymerase
韩国
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